Actualmente, los restos de Bach descansan en la iglesia de Santo Tomás de Leipzig, pero no siempre ha sido así. Antes de llegar a su lugar de reposo definitivo, los restos de Bach sufrieron diversas exhumaciones y análisis de sus huesos, que nos han permitido hacernos una idea de cómo era en vida.
El primer lugar de reposo de Bach fue la iglesia San Juan de Leipzig. No se conocía el lugar exacto donde fue enterrado, pero sí se conocían algunos datos. Se conoce que fue enterrado en 31 de julio de 1750, junto al muro sur de la iglesia, en un ataúd de roble, una madera bastante poco común en los ataúdes de la época.
En 1894 se procedió a demoler esta iglesia, pero antes se quiso exhumar el cadáver de Bach. En la parte de la iglesia donde se pensaba que podía reposar Bach solo encontraron 3 ataúdes de roble. Uno pertenecía a una mujer, otro a un varón de mediana edad con el cráneo destrozado. En el tercero se encontró un esqueleto completo perteneciente a un hombre. El estudio anatómico de este esqueleto, determinó que podría tratarse de Bach. La extracción de los restos se produjo un día de lluvias torrenciales, lo que dificultó el trabajo e hizo que se perdieran bastantes huesos.
El estudio del esqueleto de Bach se encargó a un anatomista suizo llamado Wilheim His. Este anatomista fotografió los huesos y publicó un estudio destinado a demostrar la autenticidad de sus restos. También se centró en estudiar la fisionomía del cráneo. Basándose en estos estudios y del único retrato pintado en vida de Bach, el escultor Carl Ludwig Seffner esculpió un busto de mármol y una estatua de bronce del maestro.
Los restos de Bach volvieron a la tierra en 1904, frente al altar de la nueva iglesia de San Juan, donde no descansarían por mucho tiempo. Los graves daños que sufrió la iglesia durante la II Guerra Mundial obligaron a demolerla. Tras esto, Bach fue trasladado a su actual ubicación.
El cirujano maxilofacial Wolfgang Rosenthal aprovechó la nueva exhumación para encontrar nuevos detalles que confirmaron la autenticidad de los restos. Rosenthal afirmó que los pies del cadáver tenían espolones calcáreos, una deformación habitual en los organistas. Sin embargo, no se tomaron fotografías de esto y sus conclusiones no se publicarían hasta 1962.
En 2018, el profesor de tecnología médica Andreas Otte, publicó un extenso estudio sobre los restos del compositor, basándose en las fotografías de Wilheim His. Gracias a la simulación geométrica y los cálculos matemáticos, pudo concluir las medidas exactas de Bach.
Según sus cálculos, Bach medía 167 cm, una medida bastante habitual para le época. Más sorprendente es la envergadura de su mano izquierda. Según los cálculos de Otte, su mano mediría 26 cm de envergadura, una extensión con la que podría abarcar una duodécima.
Además de los datos que nos han dado sus restos, podemos saber mucho sobre la técnica y la manera de tocar de Bach a través de diferentes tratados de músicos y biógrafos que lo conocieron en vida como Wilhelm Friedemann y Carl Philipp Emanuel (sus hijos) o el organista Johann Nikolaus Forkel.